排污许可证的申请及办理流程如下：
确定是否需要办理5：
根据《排污许可管理条例》以及《固定污染源排污许可分类管理名录》等要求，排污单位因污染物产生量、排放量、对环境的影响程度等因素，被实行排污许可重点管理、简化管理和登记管理。属于名录规定纳入排污许可重点管理、简化管理的，需申请办理排污许可证；属于登记管理的，只需在全国排污许可证管理信息平台上进行登记，无需申请许可证。
准备申请材料：
排污许可证申请表：在全国排污许可证管理信息平台上申请成功后自动生成，首页需加盖企业公章6。
承诺书：有申请单位法定代表人签字并加盖企业公章67。
自行监测方案：说明企业如何对排污情况进行自行监测，包括监测点位、监测指标、监测频次等1。
排污许可证申领信息公开情况说明表：若属于重点管理的排污单位，需将主要申请内容通过全国排污许可证管理信息平台或其他便于公众知晓的方式向社会公开，公开时间不得少于 5 个工作日，之后填写此说明表67。
重点污染物排放总量控制指标的说明材料：属于排放重点污染物的新建、改建、扩建项目以及实施技术改造项目的排污单位需提供，说明如何获得重点污染物排放总量控制指标5。
排污单位的纳污范围、管网布置、最终排放去向等说明材料：例如属于城镇和工业污水集中处理设施的排污单位需提供5。
建设项目环评批复文件原件及复印件：2015 年 1 月 1 日之后通过环评审批的项目须提供6。
其他材料：如法律法规规定的其他材料，或者有偿获取排污权的证明材料（有偿获取排污权的单位提供）等6。
网上申请67：登录 “全国排污许可证管理信息平台 - 企业端”（网址：http://permit.mee.gov.cn/cas/login?service=http%3a%2f%2fpermit.mee.gov.cn%2fpermitext%2foutside%2flicenseredirect ）。若首次使用系统，需自行注册账户，并用此账户登录、办理排污许可所有申报审批事项。
按照对应行业排污许可证申请与核发技术规范填报系统，上传有关资料，生成排污许可申请表。在提交申请前，重点管理的排污单位要完成信息公开流程。
提交书面申请材料（部分地区要求）6：
网上提交申请后，一些地区可能要求排污单位向当地生态环境部门提交书面申请材料。具体要求可咨询当地生态环境部门。
受理与审查16：
生态环境部门对申请材料进行审查，若申请材料齐全、符合法定形式，或者排污单位按照要求补正全部申请材料的，予以受理。受理申请资料后，可能会对排污单位的生产经营场所进行现场核查。
对于依法不需要申请取得排污许可证的，即时告知不需要申请；对不属于本审批部门职权范围的，即时作出不予受理的决定，并告知排污单位向有审批权的生态环境主管部门申请；对申请材料存在可以当场更正的错误的，告知排污单位当场更正；对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，当场且一次性告知排污单位需要补正的全部材料。
决定与发证7：对符合申请条件的排污单位，生态环境部门作出审批决定。对实行排污许可简化管理的排污单位，审批部门应当自受理申请之日起 20 日内作出审批决定；对实行排污许可重点管理的排污单位，审批部门应当自受理申请之日起 30 日内作出审批决定，需要进行现场核查的，应当自受理申请之日起 45 日内作出审批决定。
对符合条件的颁发排污许可证，对不符合条件的不予许可并书面说明理由。审批部门通过全国排污许可证管理信息平台生成统一的排污许可证，下载、打印、盖章后，核发给排污单位。